Το ιστορικό χωριό Καλονύκτης βρίσκεται 14χλμ. νοτιοδυτικά από το Ρέθυμνο Κρήτης. Είναι κτισμένο στο λόφο «Νικηφόρος» και σε υψόμετρο 270 μέτρα. Κυριότερα προϊόντα της περιοχής είναι το κρασί, το λάδι, τα χαρούπια και τα κτηνοτροφικά.

Σύμφωνα με την παράδοση το χωριό οφείλει το όνομα του στο πιο κάτω περιστατικό: όταν ο Νικηφόρος Φωκάς εκστράτευσε στην Κρήτη τον Μάρτη του 961 μ.Χ., προκειμένου να την απελευθερώσει από τους Άραβες Σαρακηνούς, στρατοπέδευσε μια νύχτα στον παραπάνω λόφο, τον οποίο προηγουμένως είχε απελευθερώσει κατόπιν μάχης. Όταν ξημέρωσε, κάποιος τον ρώτησε: «Πως περάσατε τη νύχτα σας;», κι εκείνος απάντησε: «Καλή νύχτα!». Έτσι το χωριό ονομάστηκε «Καλονύκτης». Ο λόφος και η τοποθεσία, όπου στρατοπέδευσε ο Βυζαντινός στρατηγός και μετέπειτα αυτοκράτορας ονομάστηκε «Νικηφόρος».

Ο Νικηφόρος Φωκάς θεωρείται ο ιδρυτής του χωριού και υπάρχει δρόμος στο χωριό, προς τιμήν του. Επίσης, ο Δήμος στην περιοχή ονομάζεται Δήμος Νικηφόρου Φωκά.

Αξιόλογες εκκλησίες που μπορείτε να επισκεφτείτε είναι της Γέννησης της Θεοτόκου. Είναι Βενετικής περιόδου, βρίσκεται στο κέντρο του χωριού, εορτάζεται στις 8 Σεπτεμβρίου και κάθε χρόνο γίνεται μεγάλο κρητικό παραδοσιακό πανηγύρι. Επίσης στην τοποθεσία «Μοναστηρικό Μετόχι» υπάρχει το παλιό εκκλησάκι καθολικού ρυθμού, Μιχαήλ Αρχάγγελος. Οι εκκλησίες του Αγίου Αντωνίου και του Αγίου Νικολάου είναι κτισμένες πάνω σε ερείπια παλιών εκκλησιών και χρονολογούνται από το 1965. Σύγχρονες εκκλησίες είναι ο Άγιος Νεκτάριος και ο Άγιος Ανδρέας ο Κρης.